在水系開挖完成后，需對開挖基面進行壓實處理，防止水系基底不均勻沉降造成上部膜料過度拉伸，造成斷裂或超極限變形。對于松軟土質或淤泥質土要采用基底同類穩定土換填，確保地基土質整體穩定，沉降系數趨于相同。基底壓實應根據水系截面大小和形態選擇合適大小的壓路機，確保水系底部碾壓不留死角，對于邊坡部位的壓實，一般采用人工操作沖擊夯進行夯實，所有基底及邊坡部位要確保壓最終實系數≥0.85。

北方尤其是東北地區冬季受凍土影響，為防止冬季池底土凍脹對膜料產生破壞，一般在土工膜下部設置防凍脹層。防凍脹層材料一般采用粗砂或砂礫，能夠起到良好的排水作用，在夏季豐水期能夠把膜下積水及時排走。同時，砂質材料在受凍脹擠壓時具有一定的流動性，在基底局部積水凍脹時，砂層能產生相對滑移，可在一定程度上減弱凍脹破壞力。

在鋪設砂層時，應事先進行測量放線，搭設木樁或鋼筋，并做好刻度標記，準確控制砂層鋪設厚度。水系邊坡位置應采取有效措施，如采用蜂巢約束系統或土工格室防止邊坡粗砂向下滑移。在砂層攤鋪過程中對局部凹凸點應采用人工整平，并整體采用平板夯實，確保砂層表面平整度和密實度。

為防止邊坡膜料滑移或脫落，需在水系邊坡頂部設置錨固溝進行錨固，錨固溝采用人工開挖，溝尺寸一般寬度≥300mm，且深度≥300mm。溝頂部和底部應圓滑過渡，不得留設直角邊坡，以便膜料能夠實貼溝壁，增大摩擦阻力，避免膜下形成孔洞或嵌固不嚴，更好的起到錨固作用。錨固溝回來材料一般采用粘土壓實，局部水系邊坡坡度較大位置可摻入直徑100～200mm石塊。